支援センターは、さまざまな団体と連携して運営されています。

　医療勤務環境改善支援センターの運営が効果的かつ円滑に行われるよう医師会、看護協会、地域の医療関係団体、社会保険労務士会、医業経営コンサルタント協会、労働局などの行政機関と連携しています。これらの団体と共に、課題解決方策の具体化、効果検証などを協議する運営協議会の設置、運営を行っています。